南京财经大学理论经济学一级学科于2010年获得一级学科硕士学位授予权，目前为江苏省“十四五”省重点学科。有专任教师48人，其中教授18人，硕士生导师30人。理论经济学学科已跻身江苏省同类学科前列，并在全国形成了一定的影响力，在2017年教育部第四轮学科评估中，理论经济学学科评估等级在江苏省高校同类学科中排名第二。

理论经济学一级学科下设5个研究方向：（1）政治经济学。注重对马克思主义经济学基本原理和方法的研究，积极探索中国特色社会主义市场经济的运行和发展规律，推动马克思主义经济学的中国化和现代化。（2）经济思想史。注重研究、阐发和比较中外近现代经济思想史中有重大影响人物的经济思想。已经形成西方经济思想史和民国经济史两个学科特色。（3）西方经济学。密切联系中国国情和特色，运用现代经济学研究方法分析和解决中国实际经济问题。（4）人口、资源与环境经济学。注重研究人口、资源与环境之间的协调关系，特别是发达地区经济增长的资源、环境约束和人口迁移问题。（5）发展经济学与绿色发展。聚焦发展中国家的经济发展问题，主要研究环境评估与治理、绿色能源、绿色金融、绿色就业与可持续发展等问题。